Le peuplement du secteur est attesté dès le Bronze final (entre 900 et 800 av.) et la période du Hallstatt (800 et 600  av.). Deux fosses, de ces périodes, ont été découvertes sur la commune de Fontain. Des poteries de la même époque ont été identifiées dans la grotte de la Chapelle de la Chère sur la commune d’Arguel. Mais c’est surtout sur le site dit du « Cimetière de Pugey » (Champs Latins et aux Lhommes) que plusieurs tumuli du Hallstatt ont été identifiés témoignant d’un peuplement celte . Un des tumuli contenait six squelettes avec le crâne posé sur des dalles, des ossements d’animaux, de la céramique et une petite hache polie. Des pièces archéologiques, a priori, liées à ces sépultures ont été données au musée de Besançon par un membre de la famille Buttet. Enfin, un trésor monétaire de 400 monnaies gauloises aurait été découvert par un prospecteur clandestin sur la commune de Fontain.

De nombreuses découvertes attestent d’un peuplement à la période gallo-romaine. Sur Pugey, on a identifié un atelier de céramique au lieu-dit les Champs de Paille et un atelier de tuilier a aussi été découvert sur la commune de Larnod (lieu-dit le Pré-Châtelin et lieu-dit Vetret). Sur la commune de Fontain un site d’artisanat du fer a probablement été découvert à l’Est de la commune. De nombreuses monnaies de l’époque impériale datant des trois premiers siècles de notre ère ont été découvertes sur la commune de Fontain.

Les communautés de Pugey et Arguel sont attestées à partir du XII^eme siècle et dépendent des seigneuries d’Arguel puis de Chalon-Arlay. Les sires de Noironte et Bouclans prendront le relais aux XVI^eme et XVII^eme siècles. Joseph Le Bas de Clévans, né en 1697, épouse Marie Thérèse Hermand de Varignolle veuve de Jean Fernand Lampinet, seigneur de Bouclans et Pugey. Il devient baron de Pugey, seigneur d’Osse, de Glamondans, d’Aigremont, Varignolle… mais principalement marquis de Bouclans en 1749. Il est admis au parlement de Besançon en 1729.

Pugey est ravagée par les « Suédois »  de Bernard de Saxe-Weimar au début de la Guerre de Dix Ans (1636-1646).
En 1639, un chroniqueur décrit un bourg en ruines et déserté : « Le village était si chétif que jamais il n’y eut deux pignons entiers de pierre, ni toit couvert de tuiles ou de lave. Il s’écoule quatre ans avant que les villageois commencent à reconstruire leurs demeures ».

Le 10 novembre 1639, Pierre Mareschal, seigneur de Pugey, obtient du gouverneur général de la Comté de Bourgogne, la permission de fortifier sa maison en construisant une tour avec pont-levis et canonnières. Dès 1641 l’ouvrage disposait de 14 défenseurs, et 2 guetteurs étaient chargés de signaler l’approche d’ennemis. Cette maison-forte dite Château-Bassand, fut la propriété du VIIIe marquis de Jouffroy d’AbbansNote durant la seconde moitié du XIX^eme siècle. Elle fut louée avant d’être acquise par des propriétaires privés, dont la famille Bassand qui l’occupa durant la plus grande partie du XX^eme siècle. On peut apercevoir le blason des Chalon-Arlay à l’embrasure d’une des fenêtres.

Le 6 janvier 1640, les habitants de Pugey « à peine échappés des guerres et pestes » et dont le nombre avait été divisé par quatre en l’espace de 4 ans, demandaient à l’archevêque de Besançon l’autorisation d’utiliser les restes de la cure pour la réparation de l’église.

Lors de Guerre de 1870, des combats se déroulent, en janvier 1871, sur les communes voisines de Vorges et Busy. Du 26 janvier au 7 mars 1871, le chalet d’Arguel sert d’hôpital à des malades et blessés de l’Armée de l’Est. Une cinquantaine d’entre eux décèdent sur place, essentiellement de maladie, et sont inhumés dans le cimetière communal.

Un recteur (maître) d’école, recruté par l’autorité religieuse, est en poste à Pugey depuis le début du XVIIIe siècle. Le conseil municipal recrute un premier instituteur républicain en 1801. Les enfants de cinq à douze ans vont alors en classe sept heures trente par jour.

1910 voit la réunion des écoles de filles et garçons par suite d’une baisse de la population (et donc des enfants) de 30 % en 60 ans.

 

Lors de la guerre de 14-18, des tranchées et positions de tir aménagées en août-septembre 1914 pour la mise en défense de Besançon sont encore en partie visibles au nord du fort, à la Malpierre, à la Cluse… La commune accueille des civils du village de Ronvaux dans la Meuse fuyant les combats. Une quarantaine de Pugelots ont été mobilisés durant ce conflit ; le monument aux morts porte les noms de dix d’entre eux (nés et/ou habitant Pugey en 1914), morts pour la France.

Pendant la Guerre de 1939-1945, Des troupes allemandes s’installent dans les granges avec leurs chevaux durant l’hiver 1940-1941.

 

 

En 1942, des membres du groupe Guy Mocquet effectuent des essais d’explosifs dans le fort. L’armée allemande se livre à des exercices de tir au canon sur les embrasures est du fort.

Après la libération de Besançon, quelques prisonniers allemands sont mis

temporairement à disposition des paysans. Ils étaient enfermés chaque soir dans le local à fromages de la laiterie (devenu bibliothèque municipale jusqu’en 2018, ce local accueille aujourd’hui’hui le cabinet des orthophonistes).